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-omica
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In mwawbiologia molecolare, ci si riferisce comunemente al mwbaneologismo mwbqomica (in inglese mwbgomics) per indicare l'ampio numero di discipline biomolecolari che presentano il suffisso "-omica", come avviene per la mwbwgenomica o la mwcaproteomica. Il suffisso correlato mwcq-oma (in inglese mwcg-omes) indica invece l'oggetto di studio di queste discipline (mwcwgenoma, mwdaproteoma).

Contents

Note

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Origini del termine

Il successo del suffisso più generale "mwea-om-" ha avuto origine dall'ampio uso che il termine "mweqgenoma" ha riscosso nella comunità scientifica. La prima apparizione di questa terminazione, in realtà, è da ricondurre al termine mwegbioma. Anche se alcuni fanno risalire l'origine di questo suffisso a mwewmwfacromosoma, tale correlazione è quantomeno inesatta. Cromosoma deriva dal greco "χρωμ(ατ)-" (mwfqcolore) e "σωμ(ατ)-" (mwfgcorpo). Appare dunque evidente che il suffisso di cromosoma (mwfw-soma, appunto) è diverso da mwga-oma.

La mwggmoda di creare nuovi "-oma" può essere fatta risalire intorno al mwgw1995, all'interno delle comunità dei mwhabioinformatici di mwhqCambridge, mwhgStanford, mwhwYale, mwiaHarvard ed altri importanti centri di ricerca. Nella seconda metà degli anni '90, dunque, si iniziò a diffondere nella comunità scientifica la convinzione che il suffisso "-oma" potesse facilmente etichettare qualsiasi disciplina in corso di formazione. Nacquero così il mwiqmetaboloma, il mwigtextoma, lmwiw'mwjainterattoma, il mwjqbacterioma, lmwjg'mwjweukaryoma, il mwkaneuroma e molti altri.

Nell'opinione di buona parte della comunità scientifica permane l'idea che il suffisso mwkg-oma sia di origine greca. Poiché mwkwgenoma indica la totalità del materiale genetico di un organismo, infatti, è opinione diffusa che il suffisso mwla-oma indichi la totalità di quanto indicato nel prefisso. Ad ogni buon conto, non esiste alcuna correlazione tra tale suffisso e la lingua greca antica. Alcuni, poi, ritengono che mwlq-oma possa derivare dal latino mwlgomni- (che ben esprime l'idea di mwlwtutto): tale interpretazione sembra forzata, se non del tutto priva di fondamento.

In ogni caso, in seguito alla diffusione di progetti di biologia quantitativa applicati su larga scala (come il mwmqProgetto Genoma Umano), il suffisso "-oma" è stato adottato dalle comunità dei mwmgbioinformatici e dei mwmwbiologi molecolari, che hanno continuato ad usarlo per etichettare le numerose discipline di recente istituzione.

Utilizzo attuale degli "-oma"

L'utilizzo degli "-oma" permette ai biologi e ai bioinformatici di classificare agevolmente un particolare campo di studi in biologia cellulare. Oltre a "genoma", capostipite degli -oma, ha avuto un'ampia diffusione il termine mwngproteoma che indica la totalità delle mwnwproteine mwoaespresse in un organismo, tessuto o cellula (vale a dire la sua mwoqespressione genica). Il successo di questi termini, la loro diffusione, nonché la proliferazione, è dovuto all'esigenza di delimitare e definire il campo di ricerca di nuovi ambiti disciplinari.

Lista di "-oma"

Di seguito sono riportati i più importanti "-oma" proposti recentemente all'interno della comunità scientifica.

• Il mwpgmwpwconnettoma è la mappature delle aree cerebrali e loro connessioni; è studiato dalla mwqamwqqconnettomica.
• Il mwqwmwratrascrittoma è l'insieme degli mwrqmRNA trascritti nell'intero organismo, tessuto, cellula; è studiato dalla mwrgmwrwtrascrittomica.
• Il mwsqmwsgmetaboloma comprende la totalità dei mwswmetaboliti presenti in un organismo; è studiato dalla mwtamwtqmetabolomica.
• Il mwtwmwuametalloma comprende la totalità delle specie di mwuqmetalli e mwugmetalloidi; è studiato dalla mwuwmwvametallomica.
• Il mwvglipidoma comprende la totalità dei mwwalipidi; è studiato dalla mwwqlipidomicacite-ref-1[1].
• Lmwya'mwyqmwyginterattoma comprende la totalità delle interazioni molecolari che hanno luogo in un organismo; un nome che comunemente indica la disciplina della mwywinterattomicacite-ref-2[2] è quello di mwaabiologia dei sistemi (mwaqmwagsystems biology).
• Lo mwbaspliceoma (da non confondersi con lo mwbgspliceosoma, il complesso di proteine ed acidi nucleici coinvolti nello mwbwsplicing) comprende la totalità delle mwcaisoforme proteiche dovute a mwcqmwcgsplicing alternativo; è studiato dalla mwcwspliceomica.
• Lmwdq'mwdgORFeoma comprende la totalità delle sequenze di DNA che iniziano con un mweacodone ATG e terminano con un codone di stop (sequenze note come ORF, mweqopen reading frames). Queste sequenze sono ritenute in grado di codificare per una proteina o per una parte.cite-ref-3[3]cite-ref-4[4]
• mwhaTextoma: l'insieme della letteratura scientifica disponibile alla consultazione (studiato dalla mwhqtextomica).
• mwhwKinoma: l'insieme delle mwiaprotein chinasi (dall'inglese mwiqkinase) di una cellula. Esistono pubblicazioni scientifiche che citano il termine mwigkinomica.
• mwjaGlicosiloma: correlato alle reazioni di mwjqglicosilazione (studiato dalla mwjgglicosilomica).
• mwkaFisioma: correlato alla mwkqfisiologia (studiato dalla mwkgfisiomica).
• mwlaNeuroma: l'insieme delle componenti nervose di un organismo (studiato dalla mwlqneuromica).
• mwlwPredittoma: l'insieme delle predizioni di struttura proteica.cite-ref-5[5]
• mwnqReattoma: l'insieme dei processi biologici.cite-ref-6[6]
• mwowmwpaIonoma: insieme dei nutrienti minerali e degli elementi in tracce che si trovano in un organismocite-ref-7[7]

Note

cite-note-11. mwrwmwsamwsqEditorial: What is lipidomics? - Spener - 2003 - European Journal of Lipid Science and Technology - Wiley Online Library, su mwsgdoi.wiley.com.
cite-note-22. mwtgmwtwmwuaMain Page - Interactomics, su mwuqinteractomics.org. mwugURL consultato l'8 maggio 2006 mwuw(archiviato dall'mwvaurl originale il 6 luglio 2008).
cite-note-33. mwwamwwqmwwgORF (open reading frame) definition, su mwwwbiochem.northwestern.edu. mwxaURL consultato l'8 maggio 2006 mwxq(archiviato dall'mwxgurl originale il 22 maggio 2006).
cite-note-44. mwygmwywmwzaOpen reading frame definition - Medical Dictionary definitions of popular medical terms easily defined on MedTerms, su mwzqmedterms.com. mwzgURL consultato l'8 maggio 2006 mwzw(archiviato dall'mw0aurl originale il 28 dicembre 2006).
cite-note-55. mw1amw1qmw1gPredictome, su mw1wpredictome.bu.edu. mw2aURL consultato il 2 febbraio 2018 mw2q(archiviato dall'mw2gurl originale il 30 aprile 2006).
cite-note-66. mw3gmw3wmw4aReactome, su mw4qreactome.org.
cite-note-77. Lahner B, Gong J, Mahmoudian M, Smith EL, Abid KB, Rogers EE, Guerinot ML, Harper JF, Ward JM, McIntyre L, Schroeder JI, Salt DE (2003) Genomic scale profiling of nutrient and trace elements in Arabidopsis thaliana. Nat Biotechnol 21: 1215-1221

Voci correlate
Altri progetti

Altri progetti

• Wikimedia Commons

• Wikimedia Commons contiene immagini o altri file su -omica

Collegamenti esterni

• mw7qOMICS: un giornale di biologia integrata, su liebertpub.com (archiviato dall'url originale il 17 agosto 2017).
• mw7wLista di "-omics", a cura del Cambridge Health Institute, su genomicglossaries.com.
• mw8qOmics World, su omicsworld.com. URL consultato l'8 maggio 2006 (archiviato dall'url originale il 27 aprile 2006).
• mw8wOmics.org: la wiki degli "-omics", su omics.org.